承認フローは新規作成しましたが、申請書に反映されていません。

申請書に新規作成した承認フローを紐づけていないためです。申請書テンプレートにて対象申請書に承認フローを設定してください。下記ステップをご参考ください。

①管理者権限の画面で、「設定」→「申請書テンプレート管理」をクリックします。

②該当申請書テンプレートの「承認設定・編集」下の「設定」マークをクリックします。

③「承認フロー選択」にて作成した承認フローを指定し、「設定」をクリックします。